Đồng Minh Bí Mật xoay quanh nhân vật Ubuki Shian, một cô gái xinh đẹp nổi bật tại trường đại học, nhưng ít ai biết rằng cô đang vật lộn với nỗi ám ảnh về đàn ông do một sự kiện đau thương trong quá khứ. Trong lúc Shian hoảng sợ trước sự tiếp cận của một người đàn ông, cô gặp gỡ Tojo Ritsuko, một cô gái dịu dàng và tốt bụng, người sẵn sàng giúp đỡ Shian. Dù tình bạn giữa hai người ngày càng gần gũi, Ritsuko thực sự là một người theo đuổi Shian một cách thái quá.