Phù Thủy Agatha kể về Agatha Harkness, một phù thủy quyền năng, đã rơi vào trạng thái bị bùa mê và mất đi tự do. Tuy nhiên, một thiếu niên quyết tâm đã tới bên cô, mang theo hy vọng và khao khát cứu rỗi. Bị lôi cuốn bởi lời kêu gọi tha thiết của cậu bé, Agatha quyết định dấn thân vào cuộc thử thách mang tên Witches' Road, nhằm khôi phục sức mạnh đã đánh mất và tìm hiểu điều bí ẩn ẩn sau động cơ của cậu.